Fonctionnement et restauration des Écosystèmes Estuariens et des populations de Migrateurs Amphihalins

Unité de Recherche Ecosystèmes aquatiques et changements globaux (EABX)

Responsable de l'équipe Jérémy LOBRY

 


3 photos : Echantillonnage poisson en estuaire. Campagne d’intercalibration européenne ; larve de poisson; photo de marais

Missions

 

Au sein de l’Unité EABX, l’équipe FREEMA (Fonctionnement et Restauration des Ecosystèmes Estuariens et des populations de Migrateurs Amphihalins) mène des recherches sur la compréhension, la caractérisation et l’évaluation des réponses de la biodiversité aquatique continentale aux impacts conjugués du changement climatique, des stress environnementaux et des pressions anthropiques.

La biodiversité est appréhendée à différents niveaux d’organisation (individus, populations, communautés et écosystèmes) autour de deux objets d’études principaux : les populations de poissons migrateurs amphihalins (PMA) et les écosystèmes estuariens (EE).

L'équipe est un membre institutionnel de la "World Sturgeon Conservation Society".

 

Axes de recherches

 

Nos travaux s’articulent autour de 2 objectifs.

En premier lieu, nos recherches s’attachent à caractériser et évaluer l’état et la viabilité des PMA et des EE face aux changements globaux. En cela, elles reposent sur des travaux visant à mieux comprendre la dynamique et le fonctionnement, notamment actuels, de la biodiversité autour de nos objets. Cela se traduit par des travaux en écologie (habitats essentiels, dispersion, migrations, sensibilité à la température ou à l'hypoxie, comportement, plasticité phénotypique), en écotoxicologie (bioaccumulation et effets des contaminants, travaux effectués en partenariats) et en dynamique de population afin de :

  • mieux évaluer la fonctionnalité écologique des écosystèmes estuariens naturellement soumis à des stress environnementaux forts auxquels se conjuguent des pressions anthropiques multiples et, à partir de là, définir des indicateurs fonctionnels pertinents de leur état écologique ;
  • mieux évaluer la viabilité des différentes populations de PMA face aux pressions anthropiques (notamment pêche, fragmentation des habitats, contamination) dans le but de fournir des outils d'aide à la gestion pertinents (indicateurs fonctionnels, tableaux de bords, diagrammes de précaution...).
  • caractériser les biens et services associés à la biodiversité, et singulièrement aux poissons migrateurs amphihalins, dans un objectif de gestion, conservation et restauration (travaux effectués en partenariat).

 

Ensuite, sur la base de nos connaissances et de notre expertise, nos investigations visent à comprendre et décrire les évolutions des PMA et des EE en réponse aux changements globaux pour mieux évaluer les capacités de stabilité et de résilience des populations, communautés et écosystèmes. Pour cela:

  • nous étudions les réponses adaptatives des poissons, et en particulier des PMA, aux changements globaux (changement climatique et pressions anthropiques) dans le but de mieux évaluer la viabilité des différentes populations et leurs trajectoires. Cela se traduit notamment par des travaux en écologie évolutive (processus d’adaptation/adaptabilité …).
  • nous évaluons les trajectoires des écosystèmes et notamment l’effet des modifications de biodiversité sur le fonctionnement des EE pour en déduire leurs capacités de résilience et de stabilité dans le cadre des changements globaux et, à partir de là, proposer des scénarios d’évolution et des indicateurs de suivi.
  • nous analysons et évaluons les dynamiques écologiques des habitats et des espèces en contexte de restauration afin de produire des outils opérationnels dans le domaine de la biologie de la conservation, de l’écologie de la restauration voire de l’ingénierie écologique.

 

Compétences

 

Pour traiter ces différentes problématiques, nous disposons de compétences fortes dans différents champs de la biologie et de l’écologie :

  • écologie des populations, biologie de la conservation, écologie du déplacement, écologie de la réhabilitation, écologie comportementale, écologie trophique, écologie halieutique, ingénierie écologique…

Nous mettons en œuvre et développons des méthodes innovantes en écologie quantitative, en écologie numérique et modélisation :

  • Modélisation statistique, modélisation trophique, dynamique des populations

Enfin, avec nos partenaires, nous menons des travaux dans les champs de :

  • L’écotoxicologie, la génétique, l’écophysiologie et la socio-économie

 

Disciplines

 

Biologie de la conservation, biologie du déplacement, écologie de la réhabilitation, écologie comportementale, écologie quantitative, ingénierie écologique, modélisation, halieutique ; écotoxicologie, génétique, écophysiologie et socio-économie en partenariat ;  modélisation ; statistique.

Ouvrage

Une introduction à la migration des poissons, Pedro Morais et Françoise Daverat

Françoise Daverat, publie un ouvrage intitulé "An introduction to fish migration". Marie-Laure Acolas, Frédérique Bau, Patrick Lambert, chercheurs à Irstea, et Jean Martin ont également contribué à cet ouvrage.

 

Module d'enseignement

Dans le cadre du Master STEE Spécialité BEC (Biodiversité et écosystèmes continentaux) de l’Université Bordeaux, Irstea (Unité EABX, équipe PMA) anime une unité d’enseignement depuis 2013 intitulée « Biologie de la Conservation et Poissons Migrateurs »
L’objectif pédagogique étant d’acquérir à partir de l’étude des populations de poissons migrateurs amphihalins des bases de réflexions, des méthodes et des outils à l’interface entre la recherche et la gestion sur les thématiques de conservation et de gestion du patrimoine biologique aquatique.

Responsable : Marie-Laure Acolas, chargée de recherche

Intervenants : membres de l’équipe FREEMA et du centre Irstea de Bordeaux et également des intervenants extérieurs invités (gestionnaires, membres d’associations, représentants de l’état, scientifiques)
 

Composition de l'équipe

Responsable
LOBRY Jérémy, Modélisation des réseaux trophiques (HDR)
Permanents

ACOLAS Marie-Laure, Ecologie de la réhabilitation
BAU Frédérique, Télémétrie
BOET Philippe, Ecologie des communautés (HDR)
BONS Stéphane, Métrologie et échantillonnages biologiques
CARASSOU Laure, Ecologie fonctionnelle et Biodiversité
CHEVRE Patrick, Zootechnique
DAVERAT Françoise, Science des otolithes, plasticité phénotypique; (HDR)
DROUINEAU Hilaire, Modélisation, dynamique des populations
GAZEAU-NADIN Christine, Sclérochronologie
JACOBS Louis, Zootechnique
JATTEAU Philippe, Ecologie jeunes stades
LAMBERT Patrick, Modélisation, dynamique de populations (HDR)
LASSALLE Géraldine, Ecologie fonctionnelle
LE BARH Romaric, Echantillonnages biologiques
LEFEBVRE Guillaume, Echantillonnages biologiques
LEPAGE Mario, Bio-indication
QUINTON Eric, Administrateur bases de données
PIERRE Maud, Statistiques et analyses de données
POLESE Fabien, Expérimentation scientifique et mesure
RIGAUD Christian, Ecologie de la colonisation

Temporaires (longue durée >= 1 an )
DEWEULF Thomas, Sclérochronologie
PHILIP Joris, Expérimentation animale
ROUGIER Quentin, Métrologie et écologie comportementale
Thèses, post-doctorants

BAUMANN Loïc, doctorant, écologie des jeunes stades d'aloses
CHEVILLOT Xavier, post-doctorant : "Modélisation de la Bioaccumulation des contaminants organiques dans le réseau trophique de l'estuaire de la Gironde"
GAILLARD Mélanie, post-doctorante, génétique et génomique, écologie des jeunes stades d'anguilles
MOUNIER Florence, doctorante : "Modélisation de la bioaccumulation des contaminants organiques chez la Sole Solea solea de l'Estuaire de la Gironde"
NACHON-GARCIA David, post-doctorant, Science des otolithes, sclérochronologie et plasticité phénotypique
PAUMIER Alexis, doctorant, Ecologie quantitative

Les anciens doctorants : que sont-ils devenus ?

Anciens doctorants

Formation

Parcours professionnel

Mélanie Béguer Bordeaux I CDD Ingénieure de recherche au sein du CEMAGREF, puis post-doctorante à l'Université Laval (Québec), puis chercheuse à l'Université de Dalhousie (Nouvelle Ecosse, Canada)
Bruno Boigontier ENSA Toulouse Journaliste
Xavier Chevillot Bordeaux I Doctorant au sein d'Irstea
Jérémy Lobry Bordeaux I

Cadre scientifique au sein d'Ifremer à Nantes puis Ingénieur GIP Loire, puis Ingénieur de recherche au sein d'Irstea

Didier Mounié ENSA Toulouse Ingénieur bureau d'études
Delphine Nicolas Bordeaux I Post-doctorante au sein de Marine Biological Association of the UK (Plymouth), puis CDD Ingénieure de recherche au sein d'Irstea Aix-en-Provence puis Chargée de recherche à la Fondation "Tour du Valat"
Stéphanie Pasquaud Bordeaux I ATER à l'Université de Bordeaux I, puis CDD Ingénieure de recherche au sein du CEMAGREF, puis post-doctorante à l'Université de Lisbonne
Valérie Samedy Bordeaux I CDD Ingénieure de recherche au sein d'Irstea Bordeaux puis post-doctorante Stennis Space Center, au sein de l'Université d'état du Mississipi
Adam Gilles Toulouse II Ingénieur au sein du Ministère de l'Agriculture et de la Pêche, Direction de la Protection des végétaux à Amiens, puis Services vétérinaires de Marennes Oléron, puis Chargé de mission Migrateurs au sein de la DREAL Aquitaine
Babin Didier Rennes I Chargé de recherche au sein du CIRAD (Centre de coopération Internationale en Recherche Agronomique  pour le Développement), Responsable de l'Institut français de la Biodiversité à Montpellier puis Secrétaire exécutif de l'IMOSEB (International Mechanism of Scientific Expertise on Biodiversity) (Montréal, QC) et president du comité Man and Biosphère (MAN) en France
Baisez Aurore Toulouse II Ingénieure "Tableaux de bord Loire" au sein de l'association LOGRAMI (LOire GRAnds MIgrateurs), puis Directrice de cette même association
Barreau Jean-Jacques Bordeaux I Directeur technique de la Fédération de Pêche de la Gironde, puis Directeur de l'environnement au sein du Conseil Général de Seine-Maritime à Rouen, puis Directeur de la Délégation régionale de l'Agence de l'Eau Adour/Garonne à Pau, puis Directeur du Parc Naturel Régional d'Armorique
Beaulaton Laurent Toulouse II Chargé de mission "poissons migrateurs", puis Direction de l'action scientifique et technique à l'ONEMA à Rennes
Brosse Laurent Toulouse II Chargé d'études "poissons migrateurs" au sein de "Migrateurs Rhône Méditerranée" en Arles puis fondateur du Bureau d'études "Aqua Logic" en Arles
Bureau du Colombier Sarah Pau CDD à l'Université de Bordeaux (UMR "EPOC"), puis CDD Ingénieure de recherche au sein d'Irstea Bordeaux
Carrera-Garcia Erika Université de Jyväskylä
Finlande
 
Enseignant-chercheur au sein du Département des Sciences Biologiques de l'Université catholique pontificale de l'Equateur  
Castignolles Nathalie ENSEI Toulouse Maître de conférences
Chanseau Mathieu Toulouse II Ingénieur MIGADO puis ONEMA
Chêne Patrick Véto Nantes Vétérinaire libéral
Comte Sylvain Véto Nantes Vétérinaire secteur aviaire au sein de SANOFI Bordeaux
Durif Caroline Toulouse II Post-doctorante puis Chargée de recherche au sein de l'Institute of Marine Research à Austevoll (Norvège)
Edeline Eric Bordeaux I Post-doctorant à l'Université d'Oslo, puis Maître de conférences à l'Université Paris VII ENS
Feunteun Eric Rennes I Maitre de conférences à l'Université de Rennes, puis Professeur à l'Université de la Rochelle, Directeur de l'Institut du Littoral, puis Professeur au sein du MNHN (Muséum National d'Histoire Naturelle), UMR "BOREA" et Directeur de la Station de Dinard
Gisbert Enric Barcelone Post-doctorant à l'Université de Californie (Davis), puis chercheur à l'IRTA (Institute for Food and Agricultural Research and Technology) à Tarragone (Espagne)
Guchan Anne Droit de l'Environnement Conseil Régional d'Aquitaine
Imbert Hélène Bordeaux I ATER à l'Université de Bordeaux I, puis CDD Ingénieure de recherche au sein du CEMAGREF, puis post-doctorante au sein de l'UMR "BOREA", puis Chargée de mission chez BIOTOPE, puis Chef de projet "Environnement, connectivité écologique" au sein du Bureau d'Etudes "MTDA" à Bordeaux
Joubert Pascale Bordeaux I Journaliste
Lassalle Géraldine Bordeaux I CDD Ingénieure de recherche au sein du CEMAGREF puis post-doctorante à l'Université de la Rochelle, puis Chargée de recherche au sein d'Irstea Bordeaux
Lochet Aude Bordeaux I Post-doctorante à l'Université de Syracuse (USA), puis CDD Ingénieure de recherche au sein du CEMAGREF, puis post-doctorante à l'Université de Vermont (USA)
Martin Vandembulcke Delphine ENSA Toulouse Eleveuse d'oies en Dordogne
Merle Valérie Toulouse II Ingénieure au Ministère de l'Agriculture et de la Pêche, DDAF Agen puis protection des végétaux à la DRAAF (Direction Régionale de l'Alimentation, de l'Agriculture et de la Forêt d'Aquitaine)
Podgorniak Tomasz Dijon Doctorant au sein de l'UR "EABX" puis post-doctorant à l'Université de Nordland en Norvège (Research Unit "Aquaculture genomics")
Pronier Olivier Toulouse II Ingénieur CLS (Collecte Localisation Satellites) à Toulouse
Rochard Eric Rennes I Chargé de mission au sein de la Fédération de pêche de la Gironde - DDAF Gironde, puis ingénieur AGEDRA (Association Girondine pour l'Expérimentation et le Développement des Ressources Aquatiques), puis Ingénieur d'études au sein du CEMAGREF, puis Ingénieur de recherche au sein du CEMAGREF, Université du Québec à Montréal/Ministère de l'Environnement du Québec, puis Directeur de recherche au sein d'Irstea Bordeaux
Salin Dominique Bordeaux I Ingénieur Travaux publics à Tours, puis SOCOMA (bâtiment/travaux publics) Bordeaux
Taverny Catherine Bordeaux I Ingénieure bureau d'études puis Chargée de mission au sein de la FDAAPPMA (Fédération Départementale de Pêche et de Protection des Milieux Aquatiques) de la Gironde
Trancart Thomas Bordeaux I Post-doctorant, puis ATER au sein de l'UMR "BOREA" à Dinard
Vigier Jean-François Véto Nantes Vétérinaire libéral