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Fonctionnement et restauration des Écosystèmes Estuariens et des populations de Migrateurs Amphihalins (Équipe FREEMA)

Unité de Recherche Ecosystèmes aquatiques et changements globaux (EABX)

Responsable de l'équipe Jérémy LOBRY

 


3 photos : Echantillonnage poisson en estuaire. Campagne d’intercalibration européenne ; larve de poisson; photo de marais

La biodiversité telle qu'elle est classiquement décrite, ne reflète pas toujours le fonctionnement et l'état écologique des écosystèmes. C'est particulièrement vrai pour les écosystèmes estuariens qui sont naturellement stressés par des contraintes environnementales fortes et sont caractérisés par des communautés écologiques faiblement diversifiées. Or, dans le même temps, leur biodiversité est assez remarquable et les écosystèmes estuariens sont généralement associés à de nombreuses fonctions écologiques et à une production biologique particulièrement importante.

Les travaux de l'équipe visent également à acquérir des connaissances sur l'écologie et la dynamique ds populations de poissons migrateurs amphihalins (espèces qui ont la particularité d'utiliser à la fois les eaux douces et les eaux marines pour accomplir leur cycle vital) ainsi que sur le développement d'outils et de méthodes visant à la conservation de ces espèces dans les bassins versants européens.
 

Les recherches conduites par l'équipe visent à comprendre et prévoir la réponse des écosystèmes estuariens aux changements environnementaux et aux multiples pressions humaines.
Les objectifs de l'équipe sont :

  • mieux évaluer la fonctionnalité écologique des écosystèmes estuariens
  • définir des indicateurs fonctionnels pertinents de leur qualité écologique
  • d'étudier l'adpatabilité des poissons migrateurs amphihalins aux changements globaux (pêche, fragmentation des habitats, contamination, changement climatique). Cela se traduit notamment par des travaux sur l'écologie de ces espèces (habitats essentiels, dispersion, migrations, sensibilité à la température ou à l'hypoxie), leur écotoxicologie (effets des contaminants, travaux effectués en partenariats) et leur dynamique de poupulation ; l'ensemble vise à évaluer la viabilité des différentes populations et leurs trajectoires ;
  • de produire des outils opérationnels dans le domaine de la biologie de la conservation (ex. alevinage de soutien) ;
  • de caractériser les biens et services associés aux poissons migrateurs amphihalins (travaux effectués en partenariat).

L'équipe est un membre institutionnel de la "World Sturgeon Conservation Society".

Mots clés

Anguille ; alose ; biodiversité ; crevettes ; estuaires ; esturgeon ; flet ; habitats ; mulet ; poissons ; poissons migrateurs amphihalins ; réseau trophique.

 

Disciplines

Biologie de la conservation, biologie du déplacement, écologie de la réhabilitation, écologie comportementale, écologie quantitative, ingénierie écologique, modélisation, halieutique ; écotoxicologie, génétique, écophysiologie et socio-économie en partenariat ;  modélisation ; statistique.

Ouvrage

Une introduction à la migration des poissons, Pedro Morais et Françoise Daverat

Françoise Daverat, publie un ouvrage intitulé "An introduction to fish migration". Marie-Laure Acolas, Frédérique Bau, Patrick Lambert, chercheurs à Irstea, et Jean Martin ont également contribué à cet ouvrage.

Module d'enseignement

Dans le cadre du Master STEE Spécialité BEC (Biodiversité et écosystèmes continentaux) de l’Université Bordeaux, Irstea (Unité EABX, équipe PMA) anime une unité d’enseignement depuis 2013 intitulée « Biologie de la Conservation et Poissons Migrateurs »
L’objectif pédagogique étant d’acquérir à partir de l’étude des populations de poissons migrateurs amphihalins des bases de réflexions, des méthodes et des outils à l’interface entre la recherche et la gestion sur les thématiques de conservation et de gestion du patrimoine biologique aquatique.

Responsable : Marie-Laure Acolas, chargée de recherche

Intervenants : membres de l’équipe FREEMA et du centre Irstea de Bordeaux et également des intervenants extérieurs invités (gestionnaires, membres d’associations, représentants de l’état, scientifiques)
 

Composition de l'équipe

Responsable
LOBRY Jérémy, Modélisation des réseaux trophiques (HDR)
Permanents

ACOLAS Marie-Laure, Ecologie de la réhabilitation
BAU Frédérique, Télémétrie
BOET Philippe, Ecologie des communautés (HDR)
BONS Stéphane, Métrologie et échantillonnages biologiques
CARASSOU Laure, Ecologie fonctionnelle et Biodiversité
CHEVRE Patrick, Zootechnique
DAVERAT Françoise, Science des otolithes, plasticité phénotypique; (HDR)
DROUINEAU Hilaire, Modélisation, dynamique des populations
GAZEAU-NADIN Christine, Sclérochronologie
JACOBS Louis, Zootechnique
JATTEAU Philippe, Ecologie jeunes stades
LAMBERT Patrick, Modélisation, dynamique de populations (HDR)
LASSALLE Géraldine, Ecologie fonctionnelle
LE BARH Romaric, Echantillonnages biologiques
LEFEBVRE Guillaume, Echantillonnages biologiques
LEPAGE Mario, Bio-indication
QUINTON Eric, Administrateur bases de données
PIERRE Maud, Statistiques et analyses de données
POLESE Fabien, Expérimentation scientifique et mesure
RIGAUD Christian, Ecologie de la colonisation

Temporaires (longue durée >= 1 an )
PHILIP Joris, Expérimentation animale
ROUGIER Quentin, Métrologie et écologie comportementale
Thèses, post-doctorants

BAUMANN Loïc, doctorant, écologie des jeunes stades d'aloses

CHEVILLOT Xavier, post-doctorant : "Modélisation de la Bioaccumulation des contaminants organiques dans le réseau trophique de l'estuaire de la Gironde"

GAILLARD Mélanie, post-doctorante, génétique et génomique, écologie des jeunes stades d'anguilles

MOUNIER Florence, doctorante : "Modélisation de la bioaccumulation des contaminants organiques chez la Sole Solea solea de l'Estuaire de la Gironde"

NACHON-GARCIA David, post-doctorant, Science des otolithes, sclérochronologie et plasticité phénotypique

PAUMIER Alexis, doctorant, Ecologie quantitative

 

Les anciens doctorants : que sont-ils devenus ?

Anciens doctorants

Formation

Parcours professionnel

Mélanie Béguer Bordeaux I CDD Ingénieure de recherche au sein du CEMAGREF, puis post-doctorante à l'Université Laval (Québec), puis chercheuse à l'Université de Dalhousie (Nouvelle Ecosse, Canada)
Bruno Boigontier ENSA Toulouse Journaliste
Xavier Chevillot Bordeaux I Doctorant au sein d'Irstea
Jérémy Lobry Bordeaux I

Cadre scientifique au sein d'Ifremer à Nantes puis Ingénieur GIP Loire, puis Ingénieur de recherche au sein d'Irstea

Didier Mounié ENSA Toulouse Ingénieur bureau d'études
Delphine Nicolas Bordeaux I Post-doctorante au sein de Marine Biological Association of the UK (Plymouth), puis CDD Ingénieure de recherche au sein d'Irstea Aix-en-Provence puis Chargée de recherche à la Fondation "Tour du Valat"
Stéphanie Pasquaud Bordeaux I ATER à l'Université de Bordeaux I, puis CDD Ingénieure de recherche au sein du CEMAGREF, puis post-doctorante à l'Université de Lisbonne
Valérie Samedy Bordeaux I CDD Ingénieure de recherche au sein d'Irstea Bordeaux puis post-doctorante Stennis Space Center, au sein de l'Université d'état du Mississipi
Adam Gilles Toulouse II Ingénieur au sein du Ministère de l'Agriculture et de la Pêche, Direction de la Protection des végétaux à Amiens, puis Services vétérinaires de Marennes Oléron, puis Chargé de mission Migrateurs au sein de la DREAL Aquitaine
Babin Didier Rennes I Chargé de recherche au sein du CIRAD (Centre de coopération Internationale en Recherche Agronomique  pour le Développement), Responsable de l'Institut français de la Biodiversité à Montpellier puis Secrétaire exécutif de l'IMOSEB (International Mechanism of Scientific Expertise on Biodiversity) (Montréal, QC) et president du comité Man and Biosphère (MAN) en France
Baisez Aurore Toulouse II Ingénieure "Tableaux de bord Loire" au sein de l'association LOGRAMI (LOire GRAnds MIgrateurs), puis Directrice de cette même association
Barreau Jean-Jacques Bordeaux I Directeur technique de la Fédération de Pêche de la Gironde, puis Directeur de l'environnement au sein du Conseil Général de Seine-Maritime à Rouen, puis Directeur de la Délégation régionale de l'Agence de l'Eau Adour/Garonne à Pau, puis Directeur du Parc Naturel Régional d'Armorique
Beaulaton Laurent Toulouse II Chargé de mission "poissons migrateurs", puis Direction de l'action scientifique et technique à l'ONEMA à Rennes
Brosse Laurent Toulouse II Chargé d'études "poissons migrateurs" au sein de "Migrateurs Rhône Méditerranée" en Arles puis fondateur du Bureau d'études "Aqua Logic" en Arles
Bureau du Colombier Sarah Pau CDD à l'Université de Bordeaux (UMR "EPOC"), puis CDD Ingénieure de recherche au sein d'Irstea Bordeaux
Carrera-Garcia Erika Université de Jyväskylä
Finlande
 
Enseignant-chercheur au sein du Département des Sciences Biologiques de l'Université catholique pontificale de l'Equateur  
Castignolles Nathalie ENSEI Toulouse Maître de conférences
Chanseau Mathieu Toulouse II Ingénieur MIGADO puis ONEMA
Chêne Patrick Véto Nantes Vétérinaire libéral
Comte Sylvain Véto Nantes Vétérinaire secteur aviaire au sein de SANOFI Bordeaux
Durif Caroline Toulouse II Post-doctorante puis Chargée de recherche au sein de l'Institute of Marine Research à Austevoll (Norvège)
Edeline Eric Bordeaux I Post-doctorant à l'Université d'Oslo, puis Maître de conférences à l'Université Paris VII ENS
Feunteun Eric Rennes I Maitre de conférences à l'Université de Rennes, puis Professeur à l'Université de la Rochelle, Directeur de l'Institut du Littoral, puis Professeur au sein du MNHN (Muséum National d'Histoire Naturelle), UMR "BOREA" et Directeur de la Station de Dinard
Gisbert Enric Barcelone Post-doctorant à l'Université de Californie (Davis), puis chercheur à l'IRTA (Institute for Food and Agricultural Research and Technology) à Tarragone (Espagne)
Guchan Anne Droit de l'Environnement Conseil Régional d'Aquitaine
Imbert Hélène Bordeaux I ATER à l'Université de Bordeaux I, puis CDD Ingénieure de recherche au sein du CEMAGREF, puis post-doctorante au sein de l'UMR "BOREA", puis Chargée de mission chez BIOTOPE, puis Chef de projet "Environnement, connectivité écologique" au sein du Bureau d'Etudes "MTDA" à Bordeaux
Joubert Pascale Bordeaux I Journaliste
Lassalle Géraldine Bordeaux I CDD Ingénieure de recherche au sein du CEMAGREF puis post-doctorante à l'Université de la Rochelle, puis Chargée de recherche au sein d'Irstea Bordeaux
Lochet Aude Bordeaux I Post-doctorante à l'Université de Syracuse (USA), puis CDD Ingénieure de recherche au sein du CEMAGREF, puis post-doctorante à l'Université de Vermont (USA)
Martin Vandembulcke Delphine ENSA Toulouse Eleveuse d'oies en Dordogne
Merle Valérie Toulouse II Ingénieure au Ministère de l'Agriculture et de la Pêche, DDAF Agen puis protection des végétaux à la DRAAF (Direction Régionale de l'Alimentation, de l'Agriculture et de la Forêt d'Aquitaine)
Podgorniak Tomasz Dijon Doctorant au sein de l'UR "EABX" puis post-doctorant à l'Université de Nordland en Norvège (Research Unit "Aquaculture genomics")
Pronier Olivier Toulouse II Ingénieur CLS (Collecte Localisation Satellites) à Toulouse
Rochard Eric Rennes I Chargé de mission au sein de la Fédération de pêche de la Gironde - DDAF Gironde, puis ingénieur AGEDRA (Association Girondine pour l'Expérimentation et le Développement des Ressources Aquatiques), puis Ingénieur d'études au sein du CEMAGREF, puis Ingénieur de recherche au sein du CEMAGREF, Université du Québec à Montréal/Ministère de l'Environnement du Québec, puis Directeur de recherche au sein d'Irstea Bordeaux
Salin Dominique Bordeaux I Ingénieur Travaux publics à Tours, puis SOCOMA (bâtiment/travaux publics) Bordeaux
Taverny Catherine Bordeaux I Ingénieure bureau d'études puis Chargée de mission au sein de la FDAAPPMA (Fédération Départementale de Pêche et de Protection des Milieux Aquatiques) de la Gironde
Trancart Thomas Bordeaux I Post-doctorant, puis ATER au sein de l'UMR "BOREA" à Dinard
Vigier Jean-François Véto Nantes Vétérinaire libéral