EMA

L'équipe focalise ses recherches sur l’évaluation de la réponse des communautés microbiennes aquatiques (algales, bactériennes et fongiques) à des niveaux variables de pression toxique.

Les études menées visent ainsi à caractériser l’impact de toxiques organiques et inorganiques sur ces communautés, tant au niveau de leur structure, de leur diversité et de leurs fonctions. Les biofilms se développant sur des substrats inertes (artificiels ou naturels) ou organiques (litières de feuilles) et les communautés sédimentaires sont les modèles d’études privilégiés. Une attention particulière est portée sur l’étude de leurs capacités adaptatives (acquisition de tolérance, adaptation à la biodégradation…) et sur leur potentiel de récupération suite à une diminution de leur niveau d’exposition aux toxiques.

© Michel Coste - Irstea Bordeaux

© V.DUFLO - EPOC / Soizic Morin - Irstea Bordeaux

Unité de recherche

RiverLy

Équipements

  • Chromatographie en phase gaz
  • HPLC (dosage pigments photosynthétiques, dosage ergostérol)
  • Fluorimétrie
  • Spectrophotométrie
  • Microscopie en épifluorescence
  • Microrespirométrie (MicroRespTM)
  • PhytoPAM (Caractérisation Pigmentaire et activité photosynthétique)
  • Plate-forme de biologie moléculaire (PCR-DGGE, PCR-RISA, qPCR)

Moyens                    

  • Site Atelier Ardières - Morcille (69), site participant à la Zone Atelier du Bassin du Rhône : http://www.graie.org/zabr/  
  • Mésocosmes lotiques d'extérieur
  • Pièce expérimentale équipée (pilotes, microcosmes)

Partenariats  

Partenariats internes

Au sein du TR BELCA, l'équipe s'appuie sur une étroite collaboration avec le Laboratoire d'Analyses physico chimiques des Milieux Aquatiques (UR RiverLy Lyon), et l’équipe Contaminants Anthropiques et Réponses des Milieux Aquatiques (UR REBX Bordeaux). Elle collabore également au niveau de l’UR RiverLy avec l’équipe pollutions agricoles diffuses et le laboratoire dynamiques, indicateurs et modèles en écohydrologie.

Partenariats externes

  • Centre Ecotox de Lausanne, Suisse
  • UMR Agroécologie - Dijon
  • UMR CARRTEL (Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques des Ecosystèmes Limniques) - Thonon-les-Bains
  • UMR LMGE (Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement) - Clermont-Ferrand
  • LCME (Laboratoire de Chimie Moléculaire et Environnement) - Chambéry
  • UMR LEHNA (Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés) - Lyon
  • UMR EM (Ecologie Microbienne) - Lyon
  • UMR EPOC (Environnements et Paléoenvironnements Océaniques et Continentaux) - Bordeaux
  • Université de Girone – Institut d’Écologie Aquatique (Espagne)

Programmes de recherche (en cours)  

2016-2019 - Plan Ecophyto

« Développement et transfert aux opérationnels d’outils intégratifs de mesure chimique et biologique au sein des cours d’eau pour le suivi de l’impact des pratiques agricoles et de leur l’évolution (IMPACT-CE)» - coord. V. Gouy (UR RiverLy, Irstea Lyon)

2016-2017 - Région  Auvergne Rhône-Alpes (COOPERA et EXPLORA’PRO)

« Projet transfrontalier franco-suisse pour le développement d’outils écotoxicologiques d’évaluation de la qualité des sédiments de rivière à l’échelle des communautés» - coord. S. Pesce (UR RiverLy, Irstea Lyon)

2016-2018 - Convention Irstea-ONEMA

«Validation et application d’approches PICT pour évaluer l’impact écotoxicologique des contaminants dans le sédiment» - coord. S. Pesce (UR RiverLy, Irstea Lyon)

2016-2018 - Projet Agence de l’eau Loire Bretagne

«Effets des pesticides sur les écosystèmes lotiques d'Auvergne: impacts, adaptation et candidats pour la bioremédiation» (EcobioPest) - coord. J. Artigas et C. Mallet (LMGE, Univ. Clermont-Fd)

2015-2018 - APR Pesticides – Ecophyto (MEDDTL)

«Trajectoires familiales et utilisation des pesticides dans des territoires agricoles à enjeux » (Trajectoires)- coord. C. Barthélémy (Univ. Aix-Marseille)

2015-2017 - Convention Irstea-ONEMA

«Colmatage, échanges nappe-rivière et processus biogéochimiques» - coord. T. Datry (UR RiverLy, Irstea Lyon) 

Composition de l'équipe

Scientifiques

Stéphane Pesce, CR, responsable d'équipe
Chloé Bonnineau (CR)
Marc Neyra (CR)

Doctorant

Ayanleh Mahamoud Ahmed

Collaborateurs techniques

Gilles Armani (CDD)
Bernard Motte, TR, appui technique aux essais (terrain et laboratoire)
Christophe Rosy, TR, microbiologie
Bernadette Volat, IE, écologie microbienne et biologie moléculaire

Réseau Francophone d’Ecotoxicologie Microbienne

Au premier plan (de gauche à droite): J-F. Ghiglione, S. Pesce, F. Martin-Laurent
Au second plan (de gauche à droite): S. Stachowski-Haberkorn, C. Leboulanger, S. Vuillemier, P. Garrigues (invité, Président de la FCS Rovaltain), C. Bernard, W. Sanchez
Absentes sur la photo: C. Leyval, V. Chapon, T. Pollet, J. Garric (invitée, Directrice Adjointe Scientifique Irstea)

Organisation du 1er congrès international d’écotoxicologie microbienne : EcotoxicoMic 2017 (Lyon, 21-24 novembre 2017)

Après le succès des 3ème journées d'Ecotoxicologie Microbienne, qui ont réuni du 16 au 18 mars 2016 plus d’une soixantaine de participants sur le site de la Fondation de Coopération Scientifique Rovaltain, le RTP EcotoxicoMic organisera, du 21 au 24 novembre 2017 au centre des congrès de Lyon, le 1er congrès international entièrement dédié à l’écotoxicologie microbienne. Plus de détails seront bientôt disponibles sur la page http://www.ecotoxicomic.fr/fr_FR/ecotoxicomic-2017/

1er avril 2015: Naissance officielle du RTP EcotoxicoMic

Lors du dernier colloque du Réseau Francophone d’Ecotoxicologie Microbienne, organisé en Mai 2014 à Banyuls, la communauté présente a émis le souhait d’officialiser le Réseau cofondé par Stéphane Pesce et Fabrice Martin-Laurent (UMR Agroécologie, INRA Dijon). Il a été décidé collectivement d’opter pour la formule d’un Réseau Thématique Pluridisciplinaire (RTP) qui présente l’avantage d’être une formule assez souple qui permet de conserver l’esprit d’ouverture affiché depuis le début de la création du Réseau, en Mars 2013. Une demande a donc été formulée dans ce sens auprès du CNRS qui a accordé le label RTP le 1er avril 2015.

Pour en savoir plus sur ce réseau, nous vous invitons à consulter le site : http://www.ecotoxicomic.fr/

Dernières publications (2015 - 2016)

2016

Ghiglione J.F., Martin-Laurent F., Pesce S., 2016. Microbial ecotoxicology: an emerging discipline facing contemporary environmental threats. Environ. Sci. Pollut. Res. 23, 3981-3983

Graham E.B., Knelman J.E., Schindlbacher A., Siciliano S., Breulmann M., Yannarell A., Beman J.M., Abell G., Philippot L., Prosser J., Foulquier A. et al. (2016), Microbes as engines of ecosystem function: When does community structure enhance predictions of ecosystem processes? Frontiers in Microbiology 7, doi: 10.3389/fmicb.2016.00214.

Guasch H., Artigas J., Bonet B., Bonnineau C., Canals O., Corcoll N., Foulquier A., Lopez-Doval J., Kim-Tiam S., Morin S., Navarro E., Pesce S., Proia L., Salvado H., Serra A., 2016. The use of biofilms to assess the effects of chemicals on freshwater ecosystems. In Aquatic Biofilms: Ecology, Water Quality and Wastewater Treatment. Romani, A.M., Guasch, H.. and Balaguer, D., Eds. pp. 125–144.

Guasch H., Ricart M., López-Doval J., Bonnineau C., Proia L., Morin S., Muñoz I., Romaní A.M., Sabater S., 2016. Influence of grazing on triclosan toxicity to stream periphyton. Freshwater Biol. (in press; DOI: 10.1111/fwb.12797)

Lambert AS., Dabrin A., Morin S., Gahou J., Foulquier A., Coquery M., Pesce S., 2016. Temperature modulates phototrophic periphyton response to chronic copper exposure. Environ. Pollut. 208, 821-829

Pesce S., Zoghlami O., Margoum C., Artigas J., Chaumot A., Foulquier A., 2016. Combined effects of drought and the fungicide tebuconazole on aquatic leaf litter decomposition. Aquat. Toxicol.  173, 120-131

Pesce S., Margoum C., Foulquier A., 2016. Pollution-induced community tolerance for in situ assessment of recovery in river microbial communities following the ban of the herbicide diuron. Agr. Eco. Environ. 221, 79-86

Tlili A., Bérard A., Blanck H., Bouchez A., Cassio F., Eriksson M., Morin S., Montuelle B., Navarro E., Pascoal C., Pesce S., Schmitt-Jansen M., Behra R., 2016. Pollution Induced Community Tolerance (PICT): Towards an ecologically relevant risk assessment of chemicals in aquatic systems. Freshwater Biol. (in press; DOI: 10.1111/fwb.12558)

2015

Diouf F, Diouf D, Klonowska A, Le Queré A, Bakhoum N, Fall D, Neyra M, Parrinello H, Diouf M, Ndoye M, Moulin M, 2015. Genetic and Genomic Diversity Studies of Acacia Symbionts in Senegal Reveal New Species of Mesorhizobium with a Putative Geographical Pattern. PLoS ONE 10, e0117667.

Foulquier A, Morin S, Dabrin A, Margoum C, Mazzella N, Pesce S, 2015.. Effects of mixtures of dissolved and particulate contaminants on phototrophic biofilms: new insights from a PICT approach combining toxicity tests with passive samplers and model substances. Environ. Sci. Pollut. Res. 22, 4025-4036.

Foulquier A, Artigas J., Pesce S., Datry T., 2015. Drying responses of microbial litter decomposition and associated fungal and bacterial communities are not affected by emersion frequency. Freshwater Sci 34, 1233-1244.

Lambert AS, Pesce S, Foulquier A, Gahou J., Coquery M, Dabrin A, 2015. Improved short-term toxicity test protocol to assess metal tolerance in phototrophic biofilms: Toward standardization of PICT approaches. Environ. Sci. Pollut. Res. 22, 4037-4045.

Mermillod-Blondin F, Winiarski T, Foulquier A, Perrissin A, Marmonier P, 2015. Links between sediment structures and ecological processes in the hyporheic zone: Ground-penetrating radar as a non-invasive tool to detect subsurface biologically active zones. Ecohydrology 8, 626-641.

Mermillod-Blondin F, Simon L, Maazouzi C, Foulquier A, Delolme C, Marmonier P, 2015. Dynamics of dissolved organic carbon (DOC) through stormwater basins designed for groundwater recharge in urban area: Assessment of retention efficiency. Water Res. 81, 27-37.    

Le Dreau M., Chaumot A., Foulquier A., François A., Geffard O., Margoum C., Pesce S., Gouy V., Mazzella N., 2015. Outils intégratifs pour évaluer l’impact des pratiques phytosanitaires sur les cours d’eau. Innovations Agronomiques 46, 51-61.